堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆震案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的理性：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆震连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆震的理性，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。罪证一：动漫史上一直排名白痴女主角前五的毛利兰，那个拿了全国高中组空手道冠军的毛利兰，那个继承了父亲格斗血液的从小就把课余时间花在了空手道上面的毛利兰，居然会弹钢琴。罪证二：新一最大的特点就是推理，足球还有音痴。那个绝对音感或者疑似绝对音感的设定怎么回事？那个在片尾把听过两次的曲子用小提琴拉出来的能力是怎么回事？罪证三：高木不是听佐藤的话留在直升飞机上了吗？下一个镜头他好好地站在了佐藤身边是什么情况？是高木抽空去了趟木叶学了影分身，还是我运气不好看的是删减版或者单纯只是剧情的BUG？罪证四：我知道之前又是追杀又是跳楼又是飞车搞起来像美国大片似的，所以你打算在第十二部的时候装一下B，用慢拍的调子和古典音乐来讲述一个没多少悬念和推理的推理故事，我不知道你这是出于和那个凶手同一个动机还是其实想追二宫知子。但是，这样的名侦探柯南，不够激情啊。罪证五：这次没有灾难片，这次没有怪盗基德，这次你居然把灰原同学的那点小心事全说了出来！你还觉得柯哀派的闹腾的不够是吧......